Mikroorganizmaların incelenmesi genellikle mikroskop kullanılarak yapılır. Bu işlem mikroskobik ölçekteki örnekleri büyütmek ve gözlemlemek için kullanılan bir araçtır. Mikroskopik incelerken, örneğin mikropların hücre yapıları, boyutları, şekilleri, hareketleri, besin gereksinimleri, üreme...